近日,阿卜杜拉國王科技大學(KAUST)的研究團隊在《Nature》期刊發(fā)表突破性研究,首次直接捕捉到DNA解旋的瞬間,揭示了生命遺傳物質(zhì)復制的關鍵機制。
助理教授Alfredo De Biasio和Samir Hamdan教授的實驗室利用冷凍電子顯微鏡和深度學習技術,觀察了SV40大腫瘤抗原對DNA的相互作用,提供了迄今為止對DNA復制第一步的最詳細描述:15種原子狀態(tài)揭示了解旋酶是如何推動DNA解開的。這一成就不僅是解旋酶研究的一個里程碑,也是觀察任何酶在原子分辨率下動態(tài)變化的重要進展。
盡管早已認識到解旋酶在DNA復制中的重要性,De Biasio指出:“但他們并不知道DNA、解旋酶和ATP是如何協(xié)調(diào)運作,以驅動DNA的解旋過程。”
當Watson和Crick在1953年提出雙螺旋結構時,他們?yōu)榭茖W界揭示了遺傳信息存儲和復制的突破性理解。為了使DNA進行復制,螺旋結構必須首先解開,將雙鏈DNA分離為兩個單鏈。
圖 1:解旋酶環(huán)繞分叉的 DNA 以啟動內(nèi)部鏈分離。
解旋酶結合后,會熔化DNA,破壞雙螺旋之間的化學鍵。隨后,解旋酶將兩條鏈拉開,為其他酶的復制過程騰出空間。如果沒有這一首要步驟,DNA就無法被準確復制。因此,解旋酶被視為機器,或因為其微小的體積而被稱為納米機器。
如果解旋酶是納米機器,那么ATP,即三磷酸腺苷,就是它們的燃料。燃燒的ATP,正如燃燒汽油推動汽車發(fā)動機的活塞一樣,使得解旋酶的六個“活塞”能夠解開DNA。研究發(fā)現(xiàn),隨著ATP的消耗,解旋酶沿DNA移動的物理約束減小,從而使其能夠逐漸解開更多的雙鏈。在這個過程中,ATP的消耗充當了一種開關,增加系統(tǒng)內(nèi)的熵或無序,使解旋酶能夠自在地沿著DNA移動。
De Biasio解釋道:“解旋酶并不是通過一次性動作將DNA撬開,而是通過一系列構象變化逐漸不穩(wěn)定并分離鏈條。ATP的消耗或水解釋放的能量像老鼠夾中的彈簧,推動解旋酶向前,并將DNA鏈拉開。”
在研究團隊的多項發(fā)現(xiàn)中,還有一個重要成果是兩條解旋酶能夠同時在兩個位置熔化DNA以啟動解旋。DNA的化學特性使得納米機器只能沿著單一的DNA鏈在一個方向上移動。通過同時在兩個位置結合,解旋酶可以協(xié)調(diào)工作,從而使解旋能夠在兩個方向上進行,這種能量效率在自然界的納米機器中是獨特的。
De Biasio進一步解釋,這種效率使得研究DNA復制不僅僅是試圖回答關于生命的最基本科學問題,同時也使解旋酶成為新型納米技術設計的模型。
“從設計的角度來看,解旋酶是一種能量高效的機械系統(tǒng)。工程化的納米機器利用類似的熵開關機制,能夠在執(zhí)行復雜的、基于力量的任務時發(fā)揮相似的能量效率,”De Biasio補充說。
雜志:Nature
DOI:10.1038/s41586-025-08766-w